A UNICAFÉ tem armazéns estrategicamente localizados nas principais regiões produtoras do Brasil, usando a logística em benefício do cliente final. Assim, o produto é estocado em local ideal para a conservação de suas principais características e rapidamente distribuído em caso de compra.

Nos armazéns da UNICAFÉ são usados equipamentos modernos - constantemente renovados - capazes de rebeneficiar, catar e ligar o café em todas as localidades. Existe um cuidado extremo com a saúde e higiene dos funcionários, que usam capacetes, protetores de ouvidos e olhos, máscaras e luvas no manuseio dos produtos. Os diferentes tipos de café, vindos dos vários produtores de cada região, são organizados em big bags de maneira que facilite a entrada e saída dos produtos. É importante dizer que existe um sistema de segurança de última geração e seguro total em todos os armazéns.

A localização dos armazéns está assim distribuída: em Minas Gerais existe um armazém na cidade de Varginha, que atende o Sul do Estado e um que atende a Zona da Mata, na cidade de Manhumirim; no Paraná, a UNICAFÉ possui um armazém em Londrina; na Bahia, em Vitória da Conquista; e no Espirito Santo, na capital, Vitória. Em Santos, no interior de São Paulo, no Cerrado de Minas Gerais e em outras localidades, são usados armazéns de terceiros, garantido a melhor cobertura. Assim, a capacidade total de armazenagem estática nos armazéns da UNICAFÉ é de 800,000 sacos de café.